来源原则：强调档案应按照其形成来源进行整理和分类。同一形成者或同一组织机构形成的档案应集中在一起，不同来源的档案应分开整理。这样可以保持档案在来源方面的独立性和完整性，便于从档案的形成背景和历史沿革角度进行管理和利用。例如，一个机关单位的档案要与其他机关单位的档案区分开来，单独进行整理和分类。
有机联系原则：档案之间存在着各种内在的有机联系，包括时间联系、内容联系、来源联系等。在整理档案时，要充分考虑和保持这些联系。比如，按照年度顺序整理档案，可以体现档案形成的时间脉络；将同一问题、同一项目或同一事件相关的档案集中在一起，则体现了内容上的联系。通过保持档案的有机联系，能够更好地展现档案所反映的历史事实和活动过程，提案的利用价值。
按文件间的关联分类
系列文件分类：对于具有连续性、关联性的系列文件，如会议文件，可将会议通知、议程、报告、决议等按会议的先后顺序整理成一个系列，体现会议的完整过程和决策形成的脉络。
文件组合分类：将在内容上相互补充、相互印证的文件组合在一起。例如，一份政策文件与其相关的实施细则、解释说明、执行情况报告等组合分类，能更、深入地反映政策的制定和执行情况。
结合实际使用需求
满足利用者需求：考虑档案的主要利用者是谁，他们通常会以何种方式查找和使用档案。例如，对于企业的档案，财务人员可能需要按财务科目分类查找财务报表，销售人员可能更关注按客户或产品分类的销售记录。因此，在确定主题和分类标准时，要尽量满足不同利用者的需求，提案的利用效率。
便于检索和查询：分类标准应便于建立清晰的检索体系，使档案能够通过关键词、主题词等快速检索到。可以采用多级分类的方式，将大的主题进一步细分，每个类别都有明确的定义和范围，避免分类过于笼统或模糊，以便于准确地定位和查询档案。