分类
按年度分类：将档案按其形成的年度分开，不同年度的档案分别整理。这种方法适用于大多数档案，能保持档案在时间上的连续性。
按机构分类：按照档案形成的机构或部门进行分类，便于查找和利用与特定机构相关的档案。
按问题分类：根据档案所反映的主题或问题进行分类，能集中反映某一特定问题的相关档案。
按保管期限分类：将档案按规定的保管期限进行分类，如、长期、短期，以便于档案的鉴定和销毁。
实际操作中，通常采用复式分类法，如年度 - 机构、年度 - 问题等组合方式。
装订与装盒
装订：对于纸张较小或零散的文件，可采用装订机装订或线装的方式，使其成为一个整体，防止文件丢失。
装盒：将装订好的档案或单份档案装入档案盒，并在档案盒上标注档号、题名、年度等信息，便于存放和查找。
有机联系原则：档案之间存在着各种内在的有机联系，包括时间联系、内容联系、来源联系等。在整理档案时，要充分考虑和保持这些联系。比如，按照年度顺序整理档案，可以体现档案形成的时间脉络；将同一问题、同一项目或同一事件相关的档案集中在一起，则体现了内容上的联系。通过保持档案的有机联系，能够更好地展现档案所反映的历史事实和活动过程，提案的利用价值。
保持一致性和灵活性
一致性：在整个档案整理过程中，要保持主题和分类标准的一致性，避免出现同一类档案在不同部分采用不同分类标准的情况。这有助于建立统一的档案管理体系，方便档案的管理和利用。
灵活性：虽然要保持一致性，但也不能过于僵化，要根据档案的实际情况和特殊需求，适当调整和灵活运用分类标准。对于一些难以准确归类的档案，可以设置 “其他” 类别作为兜底，但要尽量减少此类情况的出现，确保分类体系的科学性和合理性。